COURS CHAPITRE 3 (2h)

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Le diaporama sonore de Marie-Aude LeBars est à la fin de chaque journée

Il suffit de passer la main sur le haut parleur pour pouvoir entendre le son

Si cela ne fonctionne pas c'est que votre lociciel est trop vieux dans ce cas vous devez quitter le mode diaporama et vous pouvez l'entendre (sauf si comme moi vous avez une version 2007 dans ce cas faut installer une version plus récente et là ca marche ! j'arrive désormais à entendre la douce voix de Marie (icone Ophrys)

Vous pouvez choisir la diapo qui vous interesse (une partie du cours en ligne que vous n'aurez pas compris par ex) nos schémas sont identiques, il n'y a que l'écriture qui change ! Vous pouvez aussi choisir de suivre tout son cours ou de ne pas vous en servir, chacun teste sa méthode préférée.

C'est un outil complémentaire en plus dont on serait bête de se priver !

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Intro

poly cours : s'approprier le schéma de l'intro en y mettant les couleurs

ROUGE pour ADN, génotype, génome, notez les 2 brins antiparallèles.

VERT pour les transcrits (= molécules transcrites cad ARN) quels qu'ils soient (ARNm, t, r, et ARNinterférents (que vous ne connaissez pas encore mais qui seront vus dans le chapitre) et pour le terme transcriptome qui signifie "ensemble des transcrits" cad ensemble des molécules d'ARN) notez que j'ai orienté l'ARN de 5' en 3' car par CONVENTION le nucléotide n°1 d'un ARN est celui situé en 5'.

VIOLET ou BLEU pour les protéines, le phénotype et le protéome (= ensemble des protéines) , notez que j'ai orienté la chaine polypeptidique de Nt en Ct car par CONVENTION l'aa1 est le Nt

On voit sur ce schéma que seuls les ARNm sont traduits en protéines (pas les ARNt, r ou interférents)

On voit aussi que les ARN interférents interfèrent avec la transcrition (qu'ils peuvent inhiber ou activer d'où les +/-) et la traduction, nous les verrons en fin de chapitre.

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​​​​I-LA TRANSCRIPTION / COPIE D'UN BRIN D'ADN EN ARN

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Rappel:

*pulse avec U* précurseur d'ARN : on marque ARN néosynthétisé

*chasse avec NTP non radioactif, on voit leur devenir​

si, après autoradiographie on observe les grains d'argents dans le noyau lors du pulse et dans le cytoplasme lors du chase, c'est que les ARN néo synthétisés pendant le pulse sont sortis par les pores nucléaires. 

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A-les molécules d'ARN issues de la transcription

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1-structure d'une molécule d'ARN

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Fiche de révision la partie entourée de vagues (transcription identique chez les euc et proc) colorier au crayon de couleur vert (pas au stylo pour réussir à voir en-dessous la biochimie) l'ARN en cours d'élongation dans le sens 5' vers 3'.

Noter les différences avec un ADN en cours de réplication : le C2' est hydroxy (porte un groupement hydroxyle = OH) dans l'ARN et certaines bases sont des U (remplacer dans la fiche une petite base (cad une base pyrimidique à un seul hétérocycle, par un U) et mettre en face un A rouge  sur le brin d'ADN dessiné à l'envers et servant de matrice.

Noter que la réaction catalysée par l'ARN polymérase est en tous points semblable à celle catalysée par l'ADNpol lors de la réplication : une phosphoestérification du OH en 3' du nucléotide n par le phosphate a du ribonucléotide libre qui vvient s'ajouter (et qui arrive à l'état activée de nucléotide tri phosphate, apportant l'énergie nécessaire à sa propre polymérisation.

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2-propriétés des molécules d'ARN

 

*hétéroduplex ADN-ARN =molécule d'AN bicaténaire dont un brin est ADN et l'autre ARN : ce que vous venez de colorier en vert et rouge sur la fiche de révision (un brin matrice d'ARN hybridé à un ARN en cours de transcription) en est un. L'hélice A ARN/ADN fait 2,3nm de large, elle est légèrement différente de l'hélice B d'ADN de Watson et Crick de 2nm de diamètre.

*poly de cours en bas de la page 2 vous avez un ARNt adoptant une structure en trèfle grâce à des séquences autocomplémentaires qui se replient en épîngles à cheveux.

Ce même schéma illustre aussi l'hybridation de deux ARN entre eux.

En effet, vous voyez qu'un codon GCC de l'ARNm (situé en bas du schéma et orienté 5'-> 3', se terminant par une queue de polyA en 3' à repasser en vert foncé), n'est pas directement reconnu par l'aa pour lequel il code (repasser l'aa alanine en violet), mais qu'un ARNt sert d'adaptateur entre les deux (repasser l'ARNt en vert clair et noter qu'il s'hybride antiparalèlement à l'ARNm grâce à un triplet de nucléotides nommé anticodon, (nous laissons la base modifiée I qui gère les codons synonymes différant par la 3ème base de côté pour le moment, nous la reverrons chapitre 5).

Repasser en rouge la liaison haute en énergie (zigwigwi) reliant aa et ARNt.

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2-les 3 types d'ARN

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Poly de figures p 3, ,noter:

*en haut à gauche la grande unité chimique des ARN

*en haut à droite la grande diversité fonctionnelle (colle "unité et diversité des ARN", ou colle "la coopération fonctionnelle des ARN") représentée par l'arbre des 3 grandes familles d'ARN

​ans le sens 5' vers 3'.

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a-les ARNm traduits en protéines

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attention, traduction an anglais se dit translation, donc les régions UTR pour "UnTranslated Region" sont des régions qui ont bien été transcrites (puisqu'elles 'ARNm), mais ne seront pas traduites car en amont du codon start pour la région leader 5'UTR ou en aval pour la trailer 3'UTR.

Poly de figure page 3 en bas à gauche,

*colorier au crayon de couleur vert foncé la boîte titrée "les ARNm sont traduits en protéines" et reconnaitre que leule l'ORF sera traduite en chaine polypeptidique.

*sur le schéma en bas à gauche représentant la  coopération des ARNm, t et r (dans les ribosomes) lors de la traduction d'un ARNm en chaine polypeptidique au niveau d'un ribosome -repasser en vert foncé l'ARNm (barre horizontale orientée 5'->3').

-repasser en vert clair l' ARNt qui parvient au tibosome par la gauche du schéma, colorier en violet l'aa7 fixé dessus. repasser de meme vert clair les 2 ARNt qui se fixent au niveaui des codons 5 et 6 de l'ARNm grâce à leur boucle de l'anticodon, et toujours en vert clair l'ARNt qui s'en va à gauche du schéma, libéré du codon 4 de l'ARNm et qui a perdu son aa4, désormais intégré dans la chaine polypeptidique en croissance (aa1 à 5) à colorier en violet.

-noter que l'aa ne parvient pas seul au ribosome, mais toujours fixé à un ARNt ayant la boucle de l'anticodon qui s'hybride au codon correspondant, le couple aa~ARNt (nommé amino-acyl ~ ARNt car "yl" signifie "fixé sur") est un précurseur activé de la synthèse protéique apportant avec lui l'énergie nécessaire à la polymérisation des aa (le billet de 50 kJ/mol étant le ~) et un décodeur de condon (l'ARNt).

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b-les ARNt

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poly figures page 3  à droite au milieu

*colorier en vert clair la boïte titrée "les ARNt et r outils de traduction"  et reconnaitre:

-tout en bas : colorier la boîte titrée  "les ARNr font partie du ribosome" et sur le schéma du bas repasser en vert clair les ARNr formant avec des dizaines de claines polypeptidiques associées : ARNr 16S dans la petite sous unité et ARN23S et 5S dans la grande.

-juste au dessus : colorier la boite titrée ARNt, noter la structure II en trèfle vue précédemment qui se replie en L

*dessiner sur la fiche de révision (à droite de la bo,ite centrale introductuve du dogme central par exemple) ce schéma avec toutes ses légendes en faisant très attention à l'orientation 5'-->3' de l'ARNm et 3'->5' de l'ARNt replié en trèfle (pour que la doucle hélice ARN entre codon et anticodon ait bien 2 brins antiparalèles et que l'aa soit fixé à l'extrémité 3'OH de l'ARNt).

*l'Inosine est une adénine modifiée chimiquement par une enzyme (cliquer ici pour infos sur inosine), située en 5' de l'anticodon à la position de "base hésitante" qui permet de gérer les codons synonymes qui diffèrent par la base en 3' d'un codon : cela évite la necessité d'avoir 1gène ARNt pour coder chaque ARNt s'hybridant avec les 61 codon sens  du code génétique (page 4 du poly de figures en bas).

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b-les ARNr

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*Svedberg et coefficient de sédimentation​ : si besoin de plus d'info cliquer ici

 

*poly de cours mettre des couleurs habituelles sur

   -le schéma de bas de page (ADN avec les unités de transcription répétées en tandem des gènes ARNr 18S, 23S et 5,8S, ARNprér et ARNr matures qui s'assemblent et se trouvent dans les sous-unités 60S et 40S qui contiennent aussi des polypeptides et qui ne s'assemblent en un ribosome 80S que lors de la traduction d'un ARNm en chaine polypeptidique (ARNt dessinés comme des rateaux à 3 dents (anticodon).

     -l'image de MET en sapin de noel : repasser le fil d'ADN en rouge (tronc du sapin) et les ARNr en cours de transcription en vert (branches du sapin (noter à l'extrémité des branches que les chaines polypeptidiques s'assemblent déjà pour former les sous unités ribosomiales).

 

*poly figures page 5

    -mage de sapin de noel notez l correction des boites de légendes et s'en servir pour légender l'image du haut : ARNr, ARN polymérase, ADN, sens de la transcription)

   -en bas lire le doc sur le nucléole.

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b-les petits ARN

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*poly figures page 5

Noter la grande diversité des petits ARN,.

Il  est normal que  vous ne reconnaissiez ici que l'ARN de la télomérase (vue au chapitre 2 et servant de matrice pour rallonger les télémères) et les ARN interférents (définis succinctement en intro et que nous verrons en détails la semaine prochaine).

Les SnurpS seront vus jeudi.