BCPST lycée Thiers (Marseille) Aurélie DENIS

Pour vous entrainer à mettre en évidence des éléments du libmol, je pense que le plus efficace c'est de travailler sur des protéines dont vous connaissez déjà la structure : TPI et Hb.

Je vous donne les codes pour, sur libmol en ligne, ouvrir les bonnes protéines dans PDB (Protéine Pata Bank):

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2YPI = TPI avec ligand (analogue du S = PGA)

1YPI = TPI sans ligand

Trouvez le tonneau béta, la lys 12, his95 et glu165 à moins de 3A°, la boucle mobile d'ajustement induit qui se déplace de 7A° si S

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5KSI = desoxyHbA humaine en forme T avec 23BPG dans cavité centrale

3A0G = oxyHbA de porc = forme R, ici seules 1 globine a et 1 globine béta représentées (acides aminés essentiels conservés les his proximales de porc sont au meme endroit que chez l'homme)

trouver l'hème, le BPG, l'O2, les histidines proximales (87 globine A 92 globineB) et distale (58 globine A 63 globine b), le déplacement du fer (iron dans le plan de l'hème)